Ідея створення благодійного фонду для підтримки академічної діяльності у сфері богослов’я виникла вже в 2014 році, після повернення Сергія Бортника в Україну після тривалого навчання в Німеччині. Документи для створення фонду готувалися протягом 2015-2016 років.
30 червня 2016 року під офіційною назвою «Благодійна організація «Благодійний фонд «Академічна ініціатива» Фонд був зареєстрований в Єдиному державному реєстрі юридичних осіб. З 7 липня 2016 року, відповідно до рішення загальних зборів Фонду Сергій Бортник офіційно приступив до виконання обов’язків голови Фонду. Фонд діє відповідно до свого статуту, оновлена редакція якого затверджена загальними зборами Фонду від 15 вересня 2016 року. З 21 жовтня 2016 року Фонд має статус неприбуткової організації.
Згідно статуту, Фонд створений «з метою сприяння розвитку в Україні академічної теологічної та духовної освіти, взаємодії теологічних і богословських інституцій Української Православної Церкви з іншими освітніми, культурними закладами і установами України, а також з подібними закордонними інституціями, для інформаційно-видавничої діяльності, обміну досвідом викладачів та студентів, міжнародної діяльності, отримання додаткової освіти міжнародного зразка в даному напрямку».